Czas wojny i niemieckiej okupacji
W czasie II wojny światowej (1939-1945) Kościół gnieźnieński doznał zniszczeń na nienotowaną dotąd skalę. Polityka hitlerowska, zmierzająca do totalnej likwidacji Kościoła katolickiego, zniszczyła wszystkie struktury diecezjalne. Terytorium archidiecezji gnieźnieńskiej znalazło się w dwóch okręgach administracji niemieckiej: niewielka część w okręgu Gdańsk-Prusy Zachodnie (40 parafii) oraz reszta w Kraju Warty. Linia demarkacyjna biegła wzdłuż południowych granic powiatów: toruńskiego, bydgoskiego i wyrzyskiego. Podział ten jest istotny, bo różną politykę wyznaniową prowadzili Niemcy w obydwu okręgach.
Po wyjeździe z Polski kard. Augusta Hlonda rządy nad archidiecezją sprawował, mianowany w maju 1939 r. wikariuszem generalnym, ks. kan. Edward Blericq. Kuria została zlikwidowana 1 kwietnia 1941 r. Czynniki państwowe nie uznawały władzy diecezjalnej, a wikariusz generalny został przez gestapo zmuszony do opuszczenia Gniezna i zamieszkania w Inowrocławiu, gdzie od 19 lipca 1941 r. pełnił obowiązki duszpasterza polskiej parafii. Po opuszczeniu Gniezna, ks. kan. Blericq scedował 15 lipca 1941 r. jurysdykcję nad terenem leżącym w okręgu Gdańsk-Prusy Zachodnie księdzu pochodzenia niemieckiego, nauczycielowi religii w gimnazjum niemieckim, Alojzemu Kaluschke, mianując go wikariuszem generalnym.
W okręgu Gdańsk-Prusy Zachodnie dominowały tendencje germanizacyjne, choć generalnie Kościół nie został inaczej potraktowany jak w Kraju Warty. Polityka kościelna okupanta w tym okręgu polegała na utrudnianiu i uniemożliwianiu życia religijnego, zacieśnieniu działalności Kościoła do budynków sakralnych, germanizacji języka i stanowisk. Duchowieństwo, o ile przetrwało krwawe prześladowania z początku wojny, miało szansę pozostać na swoich placówkach do końca okupacji.
Polityka w Kraju Warty, okręgu na wskroś eksperymentalnym, miała charakter o wiele bardziej agresywny. Odebrano Kościołowi katolickiemu narodowości polskiej osobowość prawną, posiadał ją tylko Rzymsko-Katolicki Kościół narodowości niemieckiej, który dysponował 11 kościołami (Biechowo, Broniszewice Nowe, Dziekanowice, Gniezno – Świętej Trójcy (wcześniej św. Jana Chrzciciela), Inowrocław – najpierw Zwiastowania NMP, potem św. Mikołaja, Jarocin św. Marcin, Pleszew św. Jan, Racendów, Strzydzewiec, Wągrowiec św. Jakub, Wieczynek). Polski Kościół katolicki Niemcy chcieli zniszczyć. W pierwszym rzędzie chodziło o wyeliminowanie duchowieństwa polskiego poprzez likwidację fizyczną, umieszczanie w obozach koncentracyjnych bądź wysiedlenie do Generalnego Gubernatorstwa.
Duchowieństwo Wielkopolski i Pomorza przeszło krwawe martyrologium. Najpierw rozprawili się hitlerowcy z polskimi księżmi na Pomorzu. Spośród 91 pracujących tam kapłanów zamordowano do końca września 1939 r. 37 księży. Eksterminacja wyjątkowo bezwzględna miała miejsce na terenie powiatu wyrzyskiego, gdzie zamordowano w tym czasie 14 księży. W Kraju Warty dopuścili się Niemcy również kilkunastu mordów na początku okupacji, tutaj jednak dominowała eksterminacja pośrednia, polegająca na zsyłaniu księży do obozów koncentracyjnych.
Przez obozy koncentracyjne przeszło łącznie 164 księży archidiecezji gnieźnieńskiej, z których 92 straciło życie. Ogólnie w czasie wojny zginęło 138 księży.
Duchownym, którzy pozostali w Kraju Warty, nie wolno było prowadzić pracy duszpasterskiej. Wskutek eksterminacji z upływem lat malała liczba księży prowadzących oficjalnie duszpasterstwo. Podczas, gdy w roku 1940 było ich 158, w następnym – 98, to od 1942 r. tylko 36 (z tego 25 w okręgu Gdańsk-Prusy Zachodnie), którzy obsługiwali 39 parafii. Księża pracujący na parafiach poddawani byli różnorakim szykanom i represjom. Od jesieni 1940 r. rozpoczęła się akcja zamykania kościołów. W latach 1942-1945 otwarte były dla Polaków tylko 39 kościoły parafialne i 2 kościoły nieparafialne (15 % stanu przedwojennego), dla Niemców-katolików wspomnianych 11. Zamknięte kościoły stały puste bądź przeznaczano je na magazyny, co powodowało częste dewastacje wnętrza. Niektóre kościoły uległy zniszczeniu na skutek pożarów (14), rozbiórki (6) lub bezpośrednich działań wojennych (2).
Kościoły były też systematycznie ograbiane z wyposażenia (świece, bielizna kościelna, naczynia liturgiczne, żyrandole, dzwony itp.). Niszczono także krzyże i figury przydrożne (np. w Bydgoszczy zniszczono 8 kaplic i krzyży przydrożnych, w powiecie bydgoskim 183, w wyrzyskim 152). Służba Boża podlegała szeregu ograniczeń. Zlikwidowano organizacje kościelne i polskie święta kościelne, pozostawiając tylko obchodzone w Starej Rzeszy: Nowy Rok, Poniedziałek Wielkanocny, Poniedziałek Zielonych Świąt i dwa święta Bożego Narodzenia. Nabożeństwa można było odprawiać jedynie w niedziele, święta i wyznaczone dni (to ostatnie nie obowiązywało w okręgu Gdańsk-Prusy zachodnie i tylko w określonych godzinach). Zakazano wszelkich zewnętrznych procesji i pielgrzymek. W części pomorskiej archidiecezji obowiązywał niemal od początku okupacji język niemiecki w liturgii (kazania, pieśni kościelne, pogrzeby, śluby, chrzty, spowiedź). Za niestosowanie tego zarządzenia groził obóz koncentracyjny (z tego powodu trafił do obozu ks. A. Świadek z Bydgoszczy). Mimo to istniała pewna grupa księży, którzy w wielu wypadkach posługiwali się językiem polskim. Istniała też nieliczna grupka księży (ok. 10), którzy prowadzili duszpasterstwo konspiracyjne. Odprawiali w prywatnych domach Msze św. i szafowali sakramenty. Obejmowało to jednak tylko bardzo wąską grupę wtajemniczonych wiernych.
Z czasów okupacji hitlerowskiej Kościół gnieźnieński wyszedł niezmiernie okaleczony. Po wyzwoleniu przystąpiono natychmiast do wznowienia pracy duszpasterskiej. Księża, którzy przeżyli okupację powracali powoli do diecezji. 1 października 1945 r. w duszpasterstwie parafialnym pracowało 158 księży archidiecezji gnieźnieńskiej, 23 z terenów zagarniętych przez ZSRR oraz 17 księży zakonnych. Łącznie 198 księży obsługiwało 261 parafii (95 parafii wakowało).
