Czasy nowożytne

Rozprzestrzeniająca się w XVI w. na ziemiach polskich reformacja wprowadziła w funkcjonowaniu diecezji pewne zakłócenia. Dotknęły one w szczególny sposób północno-zachodnie tereny arcybiskupstwa, głównie archidiakonat kamieński, gdzie wielu patronów i proboszczów przeszło na protestantyzm. Rozmiary tego zjawiska – z uwagi na brak badań – trudno określić, wiadomo tylko, że spośród kilkudziesięciu kościołów zabranych przez protestantów nigdy nie udało się odzyskać dwudziestu jeden. Na pozostałych częściach archidiecezji gnieźnieńskiej w bardzo nieznacznym stopniu zakorzenił się kalwinizm.

Pod koniec XVI w. abp Stanisław Karnkowski rozpoczął wprowadzanie w życie reformy trydenckiej (m.in. sprowadził jezuitów, założył 2 seminaria duchowne i bursę dla młodzieży szlacheckiej w Kaliszu), której percepcja trwała prawie dwa następne wieki. Kolejne zmiany terytorialne nastąpiły w latach sześćdziesiątych XVIII w. W wyniku zamiany diecezja włocławska otrzymała od Gniezna 8 parafii w okolicach Wolborza, archidiecezji gnieźnieńskiej oddała zaś 12 parafii: Bydgoszcz, Gębice, Barcin, Strzelów, Dąbrowę, Ostrów k. Kościelca, Ludzisko, Skulsk, Wawrzynowo, Broniszewo, Brdów i Modzerowo.

W statystycznym ujęciu, już po pierwszym rozbiorze Polski, w 1787 r. archidiecezja gnieźnieńska posiadała 8 archidiakonatów, 3 oficjalaty generalne (Gniezno, Łowicz, Kamień Krajeński), 41 dekanatów, 808 parafii (w tym 666 w Polsce i 142 w zaborze pruskim), 11 kolegiat, 1140 kościołów i kaplic (w tym 104 kaplice publiczne i 52 kościoły szpitalne), 14 opactw i prepozytur zakonnych, 2 seminaria duchowne (Gniezno oraz Łowicz), 1031 kapłanów diecezjalnych, 697 zakonników, 106 sióstr zakonnych oraz 513 203 osób sposobnych do sakramentów. Pod względem wyznaniowym było na jej terenie 25 551 protestantów i 23 721 Żydów.